Tôm hùm nuôi lồng ở Phú Yên, Khánh Hoà thường mắc các bệnh: bệnh mềm vỏ, long đầu, đầu to, phồng mang, trắng râu, đỏ thân, đóng sun. Bệnh xuất hiện tập trung vào tháng hai đến tháng 8 vào hầu hết ở mọi giai đoạn phát triển của tôm. Chưa có phương pháp phòng trị bệnh.