Xác định các nguồn gây ô nhiễm nước thuộc hệ thống thủy lợi Bắc Hưng Hải, gồm: nước thải từ các cơ sở công nghiệp, nước thải làng nghề, nước thải khu dân cư, sử dụng phân hóa học, sử dụng thuốc bảo vệ thực vật, nước thải và rác thải bệnh viện. Đánh giá chung về các nguồn gây ô nhiễm nước cho thấy: tổng lượng nước thải các loại xả vào hệ thống thủy lợi Bắc Hưng Hải khoảng 180.643m3/ngày, trong đó, nước thải sinh hoạt là 138.525m3/ngày (76,68% ), nước thải công nghiệp 38.030m3/ngày (21,05% ), nước thải làng nghề 3.280m3/ngày (1,82% ) và nước thải bệnh viện là 808m3/ngày.