Quan trắc 12 đợt theo 2 vụ nuôi ở 14 đầm nuôi tôm sú, tôm chân trắng, cá song, theo phương thức quảng canh cải tiến, 30 đầm bán thâm canh, 25 đầm thâm canh và 8 thuỷ vực tự nhiên: vụng, đầm nước. Các địa phương quan trắc gồm ven biển Vân Đồn và Yên Hưng (Quảng Ninh), Đồ Sơn, Đầm Đôi, Năm Căn, Trần Văn Thời (Cà Mau). Chất lượng môi trường phụ thuộc vào hình thức nuôi, ở mức độ khác nhau tuỳ theo các thông số quan trắc, biến động của BOD, COD theo thờig gian nuôi là phức tạp. Chất lượng môi trường đầm thâm canh ở mức cao là thuỷ vực bẩn nặng đến rất nặng.