Trong điều kiện nuôi ba ba thường mắc các bệnh ở vùng cổ, bệnh đốm trắng, bệnh viêm loét da, bệnh thủy mi, bệnh ngộ độc thức ăn. Để phòng bệnh cho ba ba trơn cần chuẩn bị ao nuôi và giống đáp ứng yêu cầu chăn nuôi, đảm bảo mật độ nuôi, chế độ dinh dưỡng, nguồn thức ăn sạch và đặc biệt là đảm bảo nguyên tắc phòng trừ bệnh cho ba ba.