Liên kết phát triển vùng là tiền đề nâng cao hiệu quả đầu tư phát triển vùng nói ching và đầu tư công nói riêng. Phân cấp đầu tư đang tạo điều kiện cho các địa phương tực hủ hơn trong việc quyết định các định hướng đầu tư và sử dụng nguồn lực cho phát triển. Tuy nhiên, có nhiều vấn đề đặt ra trong việc phân cấp, trong đó có những vấn đề làm cản trở sự liên kết phát triển giữa các địa phương trong vùng và liên vùng. Mặt khác, liên kết vùng hiện còn đang bất cập, chưa chặt chẽ gây lãng phí đầu tư công trong nhiều năm qua.