Khái niệm hệ thống đổi mới được phát triển từ những nghiên cứu lấy bối cảnh của các nước phát triển. Việc sử dụng một cách máy móc cách tiếp cận này cho các nước đang phát triển có thể đưa đến những nhận định sai lầm. Tại những nước đang phát triển có nền kinh tế mở, một hệ thống đổi mới đang hình thành với tương tác chủ đạo giữa các doanh nghiệp, với sự chi phối của các yếu tố nước ngoài và vai trò khiêm tốn của các cơ quan Khoa học và Công nghệ nên được coi là điều bình thường. Sự đầy đủ của hệ thống không nên được coi là yếu kém. Học hỏi, lan truyền đổi mới quan trọng hơn R&D. Vai trò nhà nước trong hệ thống này cũng sẽ phải được nhìn nhận lại.