Kết quả điều tra thành phần loài cá sông Gianh thực hiện trong 2 năm, từ tháng 8/2008 đến tháng 12/2010 tại 8 địa điểm thuộc địa phận tỉnh Quảng Bình, đã xác định được ở sông Gianh có 123 loài cá thuộc 94 giống, 49 họ và 12 bộ. Trong đó có 5 loài được ghi trong Sách Đỏ Việt Nam (2007) đều thuốc bậc VU, 2 loài đặc hữu miền Trung Việt Nam. Bô cá Vược là bộ có nhiều họ nhất với 26 họ (chiếm 53,06 phần trăm)
họ cá Chép (Cyprinidae) là họ có nhiều nhất với cùng 49 loài mỗi bộ (chiếm 39,84 phần trăm)
các bộ còn lại 1 bộ có 9 loài, 2 bộ mỗi bộ có 3 loài, 3 bộ mỗi bộ có 2 loài và có 4 bộ mỗi bộ chỉ có 1 loài.Số loài chỉ phần bộ ở môi trường nước ngọt chiếm ưu thế, tiếp đến là số loài phân bố ở cả môi trường nước lợ và nước mặn, số loài chỉ phân bố ở nước mặn là ít nhất, không có loài nào chỉ phân bố ở nước lợ.