Kết quả phân tích các mẫu trầm tích bề mặt đáy thu nhập vào tháng 10/2013 tại các rạn san hô và hệ sinh thái đáy mềm xung quần đảo Thổ Chu cho thấy: Tỉ lệ cấp hạt bùn-sét, pH, Eh, hàm lượng các chất hữu cơ, kim loại nặng, dầu mỡ và Sts trong trầm tích dao động trong phạm vi tương đối rộng (tỉ lệ cấp hạt bùn-sét: 1,68-39,2 phần trăm, pH: 7,15-8,18
Eh: (-121,0)-(-58) mV
cHc: 0,07-0,7 phần trăm
Nhc: 149,4-242,2 microgram/g
Pts: 95,8-795,7 microgram/g
Zn: 3,2-17,4 microgram/g
Cu: 2,8-10,0 microgram/g
Pb: 2,9-17,1 microgram/g
dầu mỡ 89-153 microgram/g và Sts: 437,6-3.078,3 microgram/g)
hàm lượng các chất hữu cơ và kim loại nặng (Zn, Cu) trong trầm tích hệ sinh thái đáy mềm tương đối cao hơn só với trầm tích các rạn san hô trong khi giá trị pH có xu thế ngược lại. Hàm lượng Sts, Pb, dầu mỡ và tỉ lệ cấp hạt bùn - sét trong trầm tích tại hai hệ sinh thái này không có sự khác biệt. Nhìn chung, chất lượng môi trường trầm tích tại các rạn san hô và các hệ sinh thái đáy mềm xung quanh quần đảo Thổ Chu còn rất tốt, hàm lượng các chất hữu cơ và kim loại nặng trong trầm tích đều phù hợp cho đời sống thủy sinh.