Có 82 loài động vật đáy thuộc 6 lớp, trong đó Gastropoda có thành phần loài phong phú nhất với 34 loài, kế đến là Bivalvia, các lớp còn lại biến động 1-9 loài. Thành phần loài động vật đáy trung bình dao động từ 7+-4 loài đến 23+-4 loài, trong đó vùng đầu nguồn có thành phần loài phong phú hơn vùng giữa nguồn và cuối nguồn. Thành phần loài và mật độ động vật đáy vào mùa khô cao hơn mùa mưa. Nhìn chung có sự tương đồng về sự phân bố của động vật đáy ở khu vực giữa nguồn và cuối nguồn, trong khi sự phân bố của chúng ở khu vực đầu nguồn không tương đồng với hai khu vực còn lại.