Đảng bộ Phú Yên là một trong những đảng bộ tỉnh ở miền Trung - Tây Nguyên thực hiện có hiệu quả việc học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức và phong cách Hồ Chi Minh với công tác xây dựng, chỉnh đốn Đảng theo tinh thần Nghị quyết Hội nghị Trung ương 4 khóa XI về "Một số vấn đề cấp bách về xây dựng Đảng hiện nay" và Nghị quyết Hội nghị Trung ương 4 khóa XII về "Tăng cường xây dựng, chỉnh đốn Đảng
ngăn chặn, đẩy lùi sự suy thoái về tư tưởng chính trị, đạo đức, lối sống, những biểu hiện "tự diễn biến", "tự chuyển hóa" trong nội bộ".