Hoạt động phát triển kinh tế - xã họi tác động bất lợi đến nguồn nước lưu vực sông Cầu, sông Thương dẫn đến nguồn nước cấp cho hệ thống thủy lợi Thác Huống bị suy thoái, ô nhiễm nghiêm trọng. Hệ thủy lợi Thác Huống nhận nước thải không qua xử lý từ khu đô thị, dân cư (thành phố Thái Nguyên, Bắc Giang, các huyện Hiệp Hòa, Việt Yên...) xả trực tiếp xuống hệ thống kênh tiêu gây ra ô nhiễm cục bộ, cùng với điều kiện nguồn nước cạn kiệt vào mùa khô đã làm ô nhiễm trầm trọng nguồn nước trong hệ thống thủy lợi Thác Huống, chất lượng nước không đạt tiêu chuẩn cấp nước phục vụ sản xuất nông nghiệp và dân sinh. Nghiên cứu kết hợp kết quả giám sát chất lượng nước từ năm 2016 đến nay với tính toán các phương án cân bằng nước đã đề xuất giải pháp tổng thể cấp nước, cải thiện môi trường nước hệ thống thủy lợi Thác Huống, bao gồm giải pháp xử lý nguồn thải, giải pháp công trình thủy lợi và giải pháp quản lý để giảm thiểu ô nhiễm phục vụ phát triển kinh tế xã hội trong vùng.