Trưởng phòng chuyên môn cấp huyện là một chức danh công chức đang tồn tại nhiều bất cập trong cơ chế tuyển dụng và đánh giá. Mặc dù các tiêu chuẩn bổ nhiệm và tiêu chí đánh giá ngày càng được xác định đầy đủ hơn. Nhưng việc tuyển dụng và đánh giá trong thực tiễn phần nhiều chỉ mang tính tình cảm, thiếu minh bạch gây ra những bức xúc trong dư luận xã hội và nội bộ đội ngũ công chức. Điều này được lý giải bằng thực tiễn việc sử dụng các căn cứ xác định tiêu chuẩn chức danh và tiêu chí đánh giá hiện nay thiếu cụ thể, rõ ràng. Trong khi, những căn cứ rất quan trọng là mô tả vị trí việc làm và khung năng lực trưởng phòng chuyên môn cấp huyện thì mới đang trong quá trình hoàn thiện, chưa được sử dụng làm căn cứ xác định các tiêu chuẩn bổ nhiệm và tiêu chí đánh giá. Thực trạng này đòi hỏi phải có những giải pháp mang tính tổng thể, đồng bộ với sự lãnh đạo, chỉ đạo quyết liệt từ Trung ương đến địa phương.