Cơ chế đối kháng của Bacillus subtilis là tiết ra các loại kháng sinh như surfactin, fengycin, iturin có bản chất là lipopeptide và các enzyme phân huyer vác tế bào nấm như chitinnase và Beta-1,3-glucanase vào môi trường, qua đó sẽ ức chế và kiềm hãm khả năng gây hại của nấm. Nghiên cứu sử dụng Bacillus subtilis làm tác nhân đối kháng với nấm Colletotrichum để phòng trị bệnh thán thư trên cây ớt.