Quản lý quỹ NSNN là một trong những chức năng cơ bản và truyền thống của KBNN. Thực hiện chức năng này, trong những năm vừa qua hệ thống KBNN đã có những cải cách mạnh về cơ chế chính sách, quy trình nghiệp vụ, đặc biệt là quy trình về thu, chi NSNN và người nộp thuế trong quá trình giao dịch với KBNN