Qua hai năm triển khai chính thức thanh tra chuyên ngành cho thấy, do làm tốt công tác chuẩn bị, thực hiện thí điểm trước khi triển khai chính thức
làm tốt công tác tuyên truyền nên đã tạo được sự đồng thuận cao của các bộ, ngành, địa phương và các đơn vị sử dụng NSNN. Với những kinh nghiệm đã đúc rút được, các đơn vị KBNN đã từng bước nâng cao chất lượng các cuộc Thanh tra chuyên ngành.