Rủi ro hầu như hiện diện trong tất cả các hoạt động nghiệp vụ KBNN từ kiểm soát chi trả các khoản chi NSNN, thanh toán chuyển khoản, quản lý ngân quỹ, kiểm soát thu chi tiền mặt, các chương trình ứng dụng như: Hệ thống trao đổi thông tin thu nộp thuế giữa các cơ quan KBNN - thuế - tài chính - hải quan, Hệ thống TABMIS, thanh toán điện tử liên ngân hàng, Chương trình Thanh toán song chương trình ứng dụng đa dạng và có thể được phân tích theo nhiều khía cạnh khác nhau.