Kết quả nghiên cứu cho thấy đã xác định được 28 haplotype gen Cytochrome B khác nhau trên tổng số 285 mẫu lợn, trong đó giống lợn Ba Xuyên và lợn Mẹo có sự đa dạng haplotype cao nhất (7 haplotype) và giống lợn Hương có sự đa dạng haplotype thấp nhất (1 haplotype). Mức độ đa dạng các haplotype gen Cytochrome B ở lượn bản địa là thấp tuy nhiên mức sai khác di truyền giữa các haplotype là tương đối cao. Cây phát sinh chủng loại dựa vào haplotype gen Cytochrome B giữa lợn bản địa Việt Nam và lợn nuôi, lợn rừng châu á, châu Âu là bằng chứng phân tử rằng lợn bản địa Việt Nam có cùng nguồn gốc từ lợn rừng châu á.