Sông Cầu chảy qua địa phận tỉnh Bắc Ninh có chiều dài 69 km. Lưu vực sông Cầu hiện nay đang chịu tác động mạnh mẽ của các hoạt động phát triển KT-XK, hoạt động của các KCN tập trung, đặc biệt các làng nghề truyền thống, và nước thải sinh hoạt của các độ thị, khu dân cư ... đã làm ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng nước sông Cầu.