Avian influenza (AI) outbreaks caused by H5N6 viruses in poultry were first detected in April 2014 in Lang Son province and then they were identified in many other provinces in the North and Central of Viet Nam. For the first time, the AI outbreak caused by viruses of a different subtype other than the H5N1, that has raised concerns about the prevalence, origin and evolution of these viruses in Viet Nam. In 2 years (2014 -2015), we obtained and analyzed 18 A/H5N6 isolates from poultry outbreaks in provinces of the North and Central, Viet Nam. The phylogenetic analysis showed that the Viet Nam H5N6 viruses had the same phylogenetic topology in all genes and splited into 2 lineages Sichuan and Jiangxi, China. The appearance of H5N6 virus was due to reassortants of the different influenza viruses, HA gene originated from H5 viruses, clade 2.3.4.4, NA gene derived from the H6N6 viruses, internal genes PB2, PB1, NP, PA, M, NS derived from H5N1 viruses. Unlike the Sichuan-lineage H5N6 viruses, most of Jiangxi-lineage H5N6 viruses derived from H6N6 viruses. Noticeably, in 2014, the Sichuan lineage viruses were predominant in H5N6 AI outbreaks, but from 2015, the Jiangxi lineage were predominant and had a tendency to replace the Sichuan lineage. These results also suggest that the continuing intra subtype reassortments will result in the appearance of novel H5N6 influenza viruses and potential to cause major H5N6 influenza epidemics in Viet Nam.Dịch cúm gia cầm do virus H5N6 phát hiện ở Việt Nam vào tháng 4 năm 2014 tại Lạng Sơn và sau đó còn phát hiện ở nhiều tỉnh/thành khác thuộc miền Bắc và miền Trung. Lần đầu tiên dịch cúm gia cầm ở Việt Nam được phát hiện do 1 subtype khác, không phải H5N1 đã làm dấy lên những quan tâm về tỉ lệ nhiễm, nguồn gốc và sự tiến hóa của virus này. Trong 2 năm (2014-2015), chúng tôi đã thu thập và phân tích 18 mẫu virus cúm A/H5N6 từ các ổ dịch trên gia cầm ở các tỉnh thuộc Miền Bắc và Miền Trung. Các kết quả phân tích phả hệ cho thấy, các virus H5N6 Việt Nam có cùng kiểu phân nhánh ở tất cả các gene thành 2 dòng Tứ Xuyên và Giang Tây, Trung Quốc. Sự xuất hiện virus H5N6 là do sự tái tổ hợp của các virus cúm khác nhau, với gene HA từ virus cúm gia cầm cúm A/H5, clade 2.3.4.4, gene NA có nguồn gốc từ các virus cúm H6N6, các gene nội PB2, PB1, NP, PA, M, NS có nguồn gốc từ virus H5N1. Tuy nhiên, khác với các virus H5N6 dòng Tứ Xuyên, phần lớn các virus H5N6 dòng Giang Tây có sự thay thế gene PB2 từ các virus H6N6. Ngoài ra, dịch cúm H5N6 ở Việt Nam năm 2014 chủ yếu do dòng Tứ Xuyên, nhưng từ năm 2015 lại chủ yếu do dòng Giang Tây và có xu hướng thay thế các virus dòng Tứ Xuyên. Các kết quả này cũng gợi ý rằng sự tái tổ hợp liên tiếp đã làm xuất hiện những virus cúm A/H5N6 mới và tiềm ẩn nguy cơ những đợt dịch cúm lớn do virus A/H5N6 gây ra ở Việt Nam.